長期高血壓不斷沖擊小血管和血管豐富的心、腦、腎等髒器，會使小動脈壁和髒器組織受損。正常情況下機體具有自我修復的功能，而在高血壓狀態下，人體內一種叫做血管緊張素II的物質增加，在血管緊張素II的刺激下，機體在修復時新生的組織結構排列紊亂，並且其中夾雜了許多無活性的纖維組織。這樣"修復"的組織器官其功能不能與正常組織相比，醫學上稱之為"異常重構"。在血管緊張素II的持續作用下，組織發生的異常重構日益惡化，不能恢復到正常的結構。因此，異常重構加重了血管和器官的損傷。
異常重構最嚴重的有血管壁以及血管豐富的器官，如心髒、腎髒、腦和眼底，因此這些器官稱為高血壓的"靶器官"。血管壁和髒器的組織異常重構，使得血管壁變厚、變硬，靶器官也發生硬化，功能下降。例如心髒受損造成心肌肥厚、冠心病、心力衰竭;腎髒受損造成腎衰、尿毒症;腦部血管硬化造成腦梗塞或腦出血等腦卒中;眼底動脈硬化造成眼底出血甚至失明。
據我國有關部門的統計，高血壓患者發生心肌肥厚和心衰的幾率均為正常人的6倍，發生腦卒中的是正常人的32倍。男性高血壓靶器官損傷的特點是：更容易侵害心髒和腦血管，此外，需要引起男性高血壓患者注意的是：高血壓會降低男性的性功能。
